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韦朝春

教授

  • 电话:+86-021-34204348
  • 邮箱:ccwei@sjtu.edu.cn
  • 地址:上海市闵行区东川路800号pg电子生物药楼4-221室
  • 实验室网址:http://cgm.sjtu.edu.cn/index/index.php
  • 教授/博导。北京大学数学本科、美国华盛顿大学计算机科学博士。研究方向为基因组学和进化基因组学,包括基因组中功能因子识别及其进化分析、真核生物泛基因组学、肿瘤基因组学和宏基因组学等。在Nature等期刊发表论文近40篇,引用超过3000次。获pg电子教书育人奖、校长奖。

学术经历

  • 2016-                     pg电子,pg电子生物信息学与生物统计学系,教授

  • 2008-2015              pg电子,pg电子生物信息学与生物统计学系,副教授

  • 2006-2007               美国微软公司,软件工程师

  • 2000-2006               美国华盛顿大学(圣路易斯)计算机系,计算机科学(计算生物学)博士

  • 1996-1999              北京大学信息科学中心,信号与信息处理 硕士

  • 1991-1996              北京大学数学系,数学学士

研究方向

基因组学

可变剪切转录本预测、调控因子识别、基因的起源及进化分析、重复序列对基因组结构和功能的影响等

元基因组学和泛基因组学

元基因组数据采集和高速分析系统及其应用研究;真核生物泛基因组研究,基于泛基因组学的物种基因组研究,基于泛基因组学的肿瘤基因组研究

生物信息学中的高性能计算及应用研究

包括基于GPU的元基因组高速分析系统以及高速全基因组序列比对方法等

代表论著

  • ?  

    Duan, Z., Qiao, Y., Lu, J., Lu, H., Zhang, W., Yan, F., Sun, C., Hu, Z., Zhang, Z., Li, G., Chen, H., Xiang, Z., Zhu, Z., Zhao, H., Yu, Y.*, Wei, C.*, HUPAN: a pan-genome analysis pipeline for human genomes, Genome Biology, 2019, 20:149

    ?  

    Wang, W., et al., "Genomic variation in 3,010 diverse accessions of Asian cultivated rice", Nature, 2018, 557:43-49 (co-corresponding author)

    ?  

    Hu, Z., Sun, C., Lu, K., Chu, X., Zhao, Y., Lu, J., Shi, J.*, Wei, C.*, “EUPAN enables pan-genome studies of a large number of eukaryotic genomes”, Bioinformatics, 2017, btx170.

    ?  

    Sun, C., Hu, Z., Lu, K., Zhao, Y., Lu, J., Zheng, T., Wang, W., Shi, J., Zhang, D., Li, Z.*, Wei, C.*, “RPAN: Rice Pan-genome Browser for ~3,000 rice genomes”, Nucleic Acids Research, 2017, 45(2): 597-605.

    ?  

    Hu, Z., Scott, H., Qin, G., Zheng, G, Chu, X., Xie, L., Adelson, D., Oftedal, B., Venugopal, P., Babic, M., Hahn, C., Zhang, B., Wang, X., Li, N., Wei, C.*, "Revealing missing human protein isoforms based on ab initio prediction, RNA-sesq and proteomics", Scientific Reports, 2015, 5:10940 

获奖情况

  • 2020年2月,被《基因组学、蛋白质组学和生物信息学》期刊(GPB)评选为“2019年度中国生物信息学十大算法和工具”。
  • pg电子校长奖                        (2019)

  • pg电子教书育人奖                 (2018)

  • pg电子优秀教师                     (2015)

  • pg电子晨星计划                     (2014)

  • 教育部新世纪优秀人才                     (2013)

  • 上海市浦江人才计划                         (2009)

  • 合成生物学iGEM国际大赛金奖           (2009、2014、2015、2016、2019)

教学情况

  • “生物组学大数据”,主讲,研究生课程,3学分,32/48学时,2017、2018、2019年春季
  • “生物计算编程语言”,主讲,本科生课程,3学分,48学时,2013-2016年春季,32学时2017-2020年春季
  • “Matlab模拟与计算实验”,主讲,本科生课程,2学分,32学时,2012年春季
  • “计算生物学”,主讲之一,3学分,研究生课程,9/48学时,2011-2018年秋季
  • “高级生物信息学”,主讲之一,3学分,研究生课程,9/48学时,2012,、2013、2014、2015年春季
  •  “生物信息学算法原理”,主讲,3学分,本科生课程,32/48学时,2011-2016年秋季,2018年春季
  • “基因组学与蛋白质组学:算法与实践”,主讲,研究生课程,3学分, 54学时,2010年秋季
  • “数字信号处理”,主讲,3学分,本科生课程,54学时,2009年秋季
  • “生物信息学前沿研讨”,本科生课程,生物序列分析部分,2009年春季
  • “生物信息学概论”,本科生课程,课程介绍及生物序列分析部分,2013年春季,2014-2016年秋季
  • pg电子医工交叉重点项目,“基于胃癌复杂表型及微生物组学多样性的大数据平台建设”,课题编号YG2017ZD01, 时间2018.1-2020.12
  • 国家自然科学基金面上项目

    • “元基因组中复杂结构的序列模块寻找及其功能分析”, 项目批准号61472246, 时间 2015.1-2018.12

    • “包含重复序列的基因预测及其功能分析”,项目批准号61272250,时间2013.1-2016.12

    • “基因结构多变性指标及其在基因的疾病易感性研究中的应用”,项目批准号60970050,时间2010.1-2012.12

  • “863”项目(1项)
    • “基于新一代测序技术的元基因组数据采集与分析系统”,课题编号2009AA02Z310,时间2009.1-2011.12
  • 上海市科委基础重点项目“在基因组序列中寻找复杂结构子序列模块的算法及系统研究”,课题编号08JC1416700,时间2008.10-2010.9
  • 上海市浦江人才计划“条件随机场理论及其在生物信息学中的应用研究”,课题编号09PJ1407900,时间2009.8-2011.7
  • 参与项目
    • 973项目“南海珊瑚礁对多次度热带海洋环境变化的响应、记录与适应对策研究”子课题:南海珊瑚礁退化机理和修复潜力,课题编号2013CB956103,时间 2013.1-2017.12
    • 863项目“微生物组学数据集成及分析的关键技术研发”,(预算720万,65万到交大),课题编号 2014AA021502, 时间 2014.1.1-2016.12

承担项目