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王卓

副教授

  • 电话:+86-021-62933338-8210
  • 邮箱:zhuowang@sjtu.edu.cn
  • 地址:广元西路55号中心小白楼210

学术经历

  • 2017/1-至今 pg电子 Bio-X研究院,副教授
  • 2011/1 – 2016/12 pg电子,pg电子,副教授
  • 2013/1 - 2014/7,Institute for Systems Biology,访问学者
  • 2006/10 - 2010/12,pg电子,pg电子,讲师
  • 2003/3 - 2006/9,pg电子,生物医学工程/生物信息学,博士

 

研究方向

高通量测序数据分析与多组学整合

基因组、转录组、代谢组等多层次组学数据及其整合分析

基于系统生物学、机器学习等方法识别致病基因和药物靶标

利用代谢调控网络和组学数据整合等方法揭示生物系统的代谢调控过程及机制,识别肿瘤、遗传代谢病等重要疾病相关的药物靶标。

基于代谢网络指导合成生物学设计

基于全基因组规模代谢网络模型发现目标产物限速步骤和改造方案,指导合成生物学理性设计。

代表论著

  • ?  

    Shen FZ, Sun RL, Li J, Yao J, Price ND, Liu Q, Liu CG, Wang Z*. OptRAM: In-silico strain design via integrative regulatory-metabolic network modeling, PLOS Computational Biology. 2019, 15(3): e1006835. 

    ?  

    Li J, Sun RL, Ning XJ, Wang XR, Wang Z*. Genome-Scale Metabolic Model of Actinosynnema pretiosum ATCC 31280 and Its Application for Ansamitocin P-3 Production Improvement. Genes 2018, 9, 364, doi:10.3390/genes9070364. 

    ?  

    Shen FZ, Wu XT, Shi LX, Zhang H, Chen YM, Qi XQ, Wang Z*, Li X*. Transcriptomic and metabolic flux analyses reveal shift of metabolic patterns during rice grain development, BMC Systems Biology, 2018, 12(Suppl 4):47.

    ?  

    Wang Z, Danziger S, Heavner B, Ma SY, Smith J, Li S, Baliga N, Aitchison J, Price N*. Combining Inferred regulatory and mechanistic metabolic networks enhances phenotype prediction in yeast. PLOS Computational Biology. 2017.5.17, 13(5): 0~e1005489

    ?  

    Wang J, Wang Y, Liu L, Wang Z*, Zhu XG*, Ma XT*. Synchronization of Cytoplasmic and Transferred Mitochondrial Ribosomal Protein Gene Expression in Land Plants is Linked to Telo-box Motif Enrichment. BMC Evolutionary Biology, 2011, 11:161.

  • ?  

    Wang Z, Zhu XG, Chen YZ, Li YX, Liu L. Though with constraints imposed by endosymbiosis, preferential attachment is still a plausible mechanism responsible for evolution of chloroplast metabolic network. Journal of Evolutionary Biology, 2009, 22(1): 71-79.

    ?  

    Wang Z, Zhu XG, Chen YZ, Li YY, Hou J, Li YX, Liu L. Exploring photosynthesis evolution by comparative analysis of metabolic networks between chloroplasts and photosynthetic bacteria. BMC Genomics, 2006, 7: 100.

    ?  

    Shen FZ,Li J,Zhu Y,Wang Z*. Systematic investigation of metabolic reprogramming in different cancers based on tissue-specific metabolic models. Journal of Bioinformatics and Computational Biology,2016.10.19, 14(5): 1644001-1~1644001-18.

    ?  

    Liu L, Shen FZ, Xin CP, Wang Z*. Multi-scale analysis of Arabidopsis response to different CO2 conditions: from gene expression to metabolic flux. Journal of Integrative Plant Biology. 2015, 12370. 

    ?  

    Wang Z, Lu LY, Liu L, Li J. Coordination of plant primary metabolism studied with a constraint-based metabolic model of C3 mesophyll cell. Metabolomics (Los Angel) 2017, 7: 192. doi:10.4172/2153-0769.1000192.

获奖情况

  • 2008年获交大“晨星”优秀青年教师奖
  • 2011年获生命学院“优秀共产党员”称号
  • 2012年获交大“晨星”优秀青年学者B类奖励
  • 2015年获交大“烛光优秀教师”二等奖
  • 2015年获交大“教学新秀”提名奖
  • 2017年获生命学院“青年教师教学竞赛”三等奖

教学情况

  • 2016-2017-2数据库原理 48学时;
  • 2017-2018-1数据库原理 48学时;
  • 2017-2018-1生物信息学概论 10学时;
  • 2017-2018-2系统生物学 32学时;
  • 2018-2019-2系统生物学 32学时 
  • 上海市市级科技重大专项“国际人类表型组计划“下设任务“人类表型组数据挖掘及分析方法”开放课题,基于调控-代谢整合网络的分子表型关联解析及疾病表型预测模型,2019.1-2020.12,在研,主持
  • 上海市科技创新行动计划政府间国际科技合作项目,原发性痛风的跨种族遗传学研究,2017.5-2020.6,在研,课题骨干
  • 国家重点研发计划精准医学重点专项,肝癌/肝病临床和社区人群大型队列研究,2017.7-2020.12,在研,课题骨干
  •  国家重点研发计划精准医学重点专项,基于多组学特征谱的肝癌分子分型研究,2016.7-2018.12,在研,课题骨干
  • 上海市自然基金,基因调控网络与代谢网络整合的新方法及在酵母PHB高产途径设计中的应用,2016.7-2019.6,在研,主持
  • 教育部留学回国人员基金,基于调控网络与代谢网络整合的方法有效预测生物表型,2015/7-2017/6,已结题,主持
  • 国家自然科学基金青年基金项目,细胞器代谢网络在内共生过程中的结构变化及适应性研究,2009/1-2011/12,已结题,主持
  • pg电子医工交叉项目,孕中期羊水细胞向卵巢生殖干细胞分化及调控研究,2010/7-2012/6,已结题,合作主持
  •  国家自然科学基金青年基金项目,基于多种生物学数据整合的基因调控网络重构研究,2008/01-2010/12,已结题,第二参加人
  •  国家科技部863项目,药物代谢酶SNPs与药物的类药性一体化预测软件的研究与开发,2008/01-2010/12,已结题,参加
  • 上海市科委重大基础项目,重大疾病相关的生物系统网络结构及其动力学研究,2004/7-2007/7,已结题,第三参加人

承担项目