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熊毅

副研究员

  • 电话:+86-021-34204573
  • 邮箱:xiongyi@sjtu.edu.cn
  • 地址:叶杰全楼416
  • 实验室网址:http://xbioinfo.sjtu.edu.cn

学术经历

  • 2018.12 –                             pg电子生物信息学与生物统计学系               副研究员                                                           
  • 2014.01 – 2018.12               pg电子生物信息学与生物统计学系               助理研究员                                                       
  • 2012.01 – 2013.12               美国普渡大学生物学系                                          博士后                                                               

研究方向

人工智能、机器学习、生物信息学

侧重于研究如何将人工智能、机器学习领域中的新算法运用到生物医药大数据的挖掘与分析任务中。

研究的算法类别包括:

1)有监督二分类学习算法

2)多标签多分类学习算法

3)深度学习算法

4)基于图和网络的学习算法

研究的生物问题包括:

1)  蛋白质功能预测

2)药物发现与开发

 

 

代表论著

  • ?  

    Yanyi Chu, Xiaoqi Shan, Tianhang Chen, Mingming Jiang, Yanjing Wang, Qiankun Wang, Dennis Russell Salahub, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. (2020) DTI-MLCD: predicting drug-target interactions using multilabel learning with community detection method. Brief. Bioinform.  doi:10.1093/bib/bbaa205 (2019 IF: 8.990)

    ?  

    Wei Wang, QiuYing Dai, Fang Li, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. (2020) MLCDForest: multi-label classification with deep forest in disease prediction for long non-coding RNAs. Brief. Bioinform.  doi:10.1093/bib/bbaa104 (2019 IF: 8.990)

    ?  

    Yanyi Chu, Aman Chandra Kaushik, Xiangeng Wang, Wei Wang, Yufang Zhang, Xiaoqi Shan, Dennis Russell Salahub, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. (2019) DTI-CDF: a Cascade Deep Forest Model Towards The Prediction of Drug-Target Interactions Based on Hybrid Features. Brief. Bioinform.  doi:10.1093/bib/bbz152 (2019 IF: 8.990)

    ?  

    Xiaoqi Shan, Xiangeng Wang, Cheng-Dong Li, Yanyi Chu, Yufang Zhang, Yi Xiong*, Dong-Qing Wei*. (2019) Prediction of CYP450 Enzyme-Substrate Selectivity Based on the Network-Based Label Space Division Method. J. Chem. Inf. Model.  59:4577-4586 (2019 IF: 4.549)

    ?  

    Ting Fang, Zizheng Zhang, Rui Sun, Lin Zhu, Jingjing He, Bei Huang*, Yi Xiong*, Xiaolei Zhu*. (2019) RNAm5CPred: Prediction of RNA 5-methylcytosine Sites Based on Three Different Kinds of Nucleotide Composition. Mol. Ther.-Nucl. Acids 18:739-747. (2019 IF: 7.032)

  • ?  

    Ronghui You, Shuwei Yao, Yi Xiong, Xiaodi Huang, Fengzhu Sun, Hiroshi Mamitsuka, Shanfeng Zhu*. (2019) NetGO: Improving Large-scale Protein Function Prediction with Massive Network Information. Nucleic Acids Res.  47:W379–W387(2019 IF: 11.501)

    ?  

    Yi Xiong, Qiankun Wang, Junchen Yang, Xiaolei Zhu*, Dong-Qing Wei*. (2018) PredT4SE-Stack: Prediction of Bacterial Type IV Secreted Effectors from Protein Sequences using a Stacked Ensemble Method. Front. Microbiol.  9: 2571. (2018 IF: 4.259)

    ?  

    Ling Liu†, Yi Xiong†, Hongyun Gao, Dong-Qing Wei, Julie C Mitchell*, Xiaolei Zhu*. (2018) dbAMEPNI: a Database of Alanine Mutagenic Effects for Protein-Nucleic Acid Interactions. Database  (2018 IF: 3.683) (Co-first authors)

    ?  

    Xiaolei Zhu, Yi Xiong, Daisuke Kihara*. (2015) Large-Scale Binding Ligand Prediction by Improved Patch-based Method Patch-Surfer2.0. Bioinformatics 31(5):707-713. (2015 IF: 5.766)

    ?  

    Uma K. Aryal, Yi Xiong, Zachary McBride, Daisuke Kihara, Jun Xie, Mark C. Hall, Daniel B. Szymanski*. (2014) A Proteomic Strategy for Global Analysis of Plant Protein Complexes. Plant Cell 26:3867-3882. (2014 IF: 9.338)

  • 主持课题
  • 2017.01-2019.12    基于蛋白质分子表面信息的核酸结合界面的分析和预测(项目批准号:31601074),国家自然科学基金青年基金
  • 2016.12-2018.12    基于药物和靶标信息的药物组合数据库与预测模型构建(项目批准号:IIPL-2016-005),上海市智能信息处理重点实验室开放课题基金(复旦大学)
  • 2014.01-2016.12   pg电子科技创新专项-新进教师科研起步启动基金
  • 2014                      教育部留学回国人员科研启动基金(第48批)
  • 合作课题
  • 2020.01-2022.12   开发新型可变剪接算法探索iPS衍生内皮细胞间质化关键调控因子及其对iPS细胞移植治疗的潜在价值(项目批准号:YG2019ZDA12),pg电子“交大之星”计划医工交叉研究基金重点项目
  • 2020.01-2022.12   21号染色体相关的新型抑癌基因鉴定及其功能机制研究(项目批准号:YG2019GD01),pg电子“交大之星”计划医工交叉研究基金滚动支持项目
  • 2019.01-2022.12   大规模蛋白质功能预测的高效算法研究(项目批准号:61872094),国家自然科学基金面上项目
  • 2019.01-2021.12   正电子显像探针18F-AV45 评价wgx-50在治疗阿尔茨海默病中的作用机制研究(项目批准号:ZH2018QNA41),pg电子转化医学交叉研究基金青年项目
  • 2016.01-2018.12   RCAN1.4调控肿瘤血管生成及肝癌转移的分子机理研究(项目批准号:YG2015QN34),pg电子医工交叉研究基金青年项目
  • 参与课题
  • 2019.01-2023.12   高通量蛋白质组学计算的基础理论与算法(项目批准号:61832019),国家自然科学基金重点基金
  • 2016.07-2021.06   蛋白-蛋白相互作用及其网络的理论计算新方法与应用:蛋白-蛋白结合界面特征与识别机制(课题编号:2016YFA0501703),国家重点研发计划
     

承担项目

学生培养

  • 在读学生